A pusztaszeri bencés monostor változatos építéstörténetében több periódus körvonalazható. Az ásatások során három különböző típusú templomot tártak fel a kutatók. Az első templom már Szent István uralkodásának az idején állt. Előkerült faragványai francia hatásról tanúskodnak.

A bencés monostort a Borkalán nemzetség alapította. A monostor területén a kutatások alapján három templomtípus összességében nyolc építési periódusát lehet rekonstruálni. A településen az első templom már a XI. század elején, Szent István uralkodása alatt állt. Ez a templom egyhajós, patkó alakú szentélyzáródással ellátott, síkmennyezettel fedett épület volt. Még a XI. század során a nyugati homlokzat elé tornyot emeltek, melynek déli oldalához feltehetőleg a sekrestye csatlakozott. A harmadik szakaszban átépítési munkálatok következtek, majd a következő periódusban a szentélyt nyugati irányban meghosszabbították.

Szent László uralkodásának idején vagy nem sokkal később körvonalazható a szentgalleni típusnak nevezett templomtípus, mely a nyugati Karoling-kori bencés templomok egyik fő alaptípusa volt. Jellegzetessége a nyugati oldalon altemplommal ellátott félköríves záródású szentély, és a négy kis oldaltorony. A következő szakaszban épült a háromhajós bazilika típusú nemzetségi templom, amelynek főhajója magába foglalta a legkorábbi épületet. Keleti apszisa körülöleli a korábbi szentélyt, korábban egyenes záródású északnyugati szentélyét félkörös, kis kápolnaszerű szentéllyé alakították át. Nyugati főbejárata mellett lehetett egy díszes, a kolostor udvarára nyíló déli bejárat. A sík mennyezettel fedett épület falait freskók díszítették. A szentélyt süttői vörösmárványból készült szentélyrács választotta el a hajótól. A déli bélletes kapu vörösmárvány oszlopainak fejezeteit az esztergomi királyi kápolna bejáratához hasonló finoman faragott volutás fejezetek koronázták. Egy XVI. századi forrás kéttornyúnak említi a templomot. A XII-XIII. század fordulóján a nyugati oldalon nagyobb előcsarnokot építettek. A tatárjáráskor az épületegyüttes súlyos károkat szenvedett, de az utolsó építési fázisban újjáépült. Lebontották a nyugati előcsarnokot. A templomot és a kolostort fallal és mély árokkal vették körül. A kolostornak csak az egyik szárnyát építették újjá. A XIV. század közepe előtt működése megszűnt, birtokain az alapító nemzetség tagjai osztoztak.

A templomot sokáig kőbányának használták, így igen kevés töredék maradt fenn. Az ásatások során előkerült szobrok nagyobb részt a XII. század utolsó negyedéből és a XIII. század első negyedéből valók. Francia hatásról tanúskodnak a legutolsó építési periódusból származó, puha homokkőből készült, egykor valószínűleg a kerengőhöz tartozott oszlopszobrok. A Szent Pál máltai történetét felelevenítő sorozatnak a készítése a XII-XIII. század fordulójára tehető, a templom fénykorára, amikor Kalán püspök, majd érsek királyi szintre emelte nemzetségének központját, s egyben temetkezőhelyét. Különleges leletnek számít a XI. század végére datálható, egy térítő püspök vagy apát sírjából előkerült, elefántcsontból faragott tau pásztorbot, mely igazi ritkaság, Európában in situ leletként csak kettő ismert.

A XIX. században még állt a templomrom. A gondozatlan romkertet rövid időn belül széthordták. Az utolsó falmaradványt az 1950-es évek elején döntötték le. Újabb feltárások az 1970-es évektől folytak a helyszínen.