A bencés rend legkorábbi magyarországi alapítású kolostora, a középkor végétõl kezdõdõen a bencés apátságok élén álló fõapátság. Pannonhalma millenniumi ünnepségéhez illeszkedve az apátság épületét, gyûjteményeit és a hozzátartozó természetvédelmi területet az UNESCO világörökségi részévé nyilvánították. A kolostor mûvészeti gyûjteménye, levéltára és könyvtára kiemelkedõ kulturális örökségi emléke Magyarországnak.

Valószínûleg 996-ban Géza fejedelem alapította Szt. Márton tiszteletére, akit a középkori hagyomány e helyhez kapcsolt. Legkorábbi állapotáról és korai kiváltságairól alapítólevele tudósít. Benne létesült Magyarország elsõ kolostori iskolája, valamint a már a XI. században is jelentõs könyvtár, amelyrõl a kolostor elsõ részletes összeírása tudósit 1077-ben. Az elsõ templomépületet 1003-ban szentelték fel, valószínûleg ehhez kapcsolhatóak a közelmúltban feltárt nyugati apszis maradványai. Az eredetileg román stílusú apátsági épületek és a templom gótikus, majd neogótikus átalakításokon esett át az évszázadok során. Egy XII. századi tûzvészt követõen Dávid apát irányította az újjáépítést, majd a XIII. század elejének legjelentõsebb apátja, Uros vezette az újabb átépítést. A XIII. században erõdített jellegû épületcsoporttá képezték ki, késõbbi vár jellegét azonban csak a XVI. század második felében kapta.

A mai templomépület lényegében XIII. századi, bár bizonyos falszakaszai visszamehetnek a XI. vagy XII. századra is. Ez az épület háromhajós, egyenes záródású szentéllyel, fõszentélye alatt altemplommal. A ma is álló kerengõ három szárnyának gótikus boltozata, valamint a templom szentélyének csillagboltozata Mátyás-kori építkezés emléke. Az északi falán láthatók még az egykori északi kapu maradványai, és itt található egy reneszánsz kapukeret is. A legújabb mûemléki kutatások hozták felszínre a korábbi kerengõ fal egy részét borító freskódísz részleteit.

A középkorban mindvégig kiemelkedõ szerepet játszó apátság, amely a rendi reformok központja is volt a XVI. század végétõl súlyos válságba került. A török harcok miatt a szerzetesek elhagyták, a hegytetõn álló épületegyüttest végvárként használták. Csak a török kiûzése után tértek vissza a bencések az épületekbe, Pálffy Mátyás irányításával. A növekvõ jelentõségû kolostornak új épületekre volt szüksége, ezért a XVIII. század elsõ felében nagyléptékû barokk építkezésekre került sor. Az újkori átépítések eredményeként alakult ki a többek közt a mai rendház épület jelentõs része, benne az ország egyik legjelentõsebb könyvtárával. Ezt a jelentõs fejlõdést szakította meg II. József rendelete, amely feloszlatta a rendet.

A szerzetesek csak 1802-ben tértek vissza a kolostorba, de ekkor már új feladatot kapva, az oktatást helyezve elõtérbe. Innen kezdõdõen a kolostorhoz mindig hozzá tartozott az iskolaépület, amelynek legnagyobb átépítésére a II. világháború elõtti idõszakban került sor, majd a XX. század végén a kolostor teljes rekonstrukciós programjához kapcsolódva. A XIX. század második felében a magyar mûemlékvédelem felismerte a templom építészeti értékeit, és ekkor került sor annak elsõ mûemléki helyreállítására, amelyet kiegészített a templombelsõhöz kapcsolódó, középkori stílusú templomberendezést újjáalkotó oltárok és egyéb berendezések készítése.

A kolostor legújabbkori fejlõdését ismét a szerzetesrendek feloszlatása törte meg, bár Pannonhalma, mint oktatási intézmény megmaradhatott a kommunista hatalomátvétel után is. Az ország egyik legrangosabb középiskolájaként jelentõs kulturális központnak számított ebben az idõszakban is, és az 1960-as éveket követõen már mûemléki kutatásra és helyreállításokra is sor kerülhetett. A kolostor ezeréves fennálláshoz kapcsolódott a legutolsó ilyen program, amelyhez nagyszabású kiállítás is társult. A templom legújabb dísze a torony külsõ bronzkapuja, melyet Pannonhalma millenniumának tiszteletére készítettek és 1996-ban szenteltek meg. A jubileumi ünnepségekhez illeszkedett az is, hogy az apátság épületét, gyûjteményeit és a hozzátartozó természetvédelmi területet az UNESCO világörökségi részévé nyilvánították.

Ezt követõen is jelentõs fejlesztések zajlanak le a kolostor együttesben, amely ma sokféle funkciót lát el. A szerzetesi közösség mellett otthont ad az iskolának, teológiai képzésnek nyújt helyet és egyházi idõsek otthona is található falai között. A kolostor mûvészeti gyûjteménye, levéltára és könyvtára kiemelkedõ kulturális örökségi emléke Magyarországnak. A növekvõ látogató tömeg fogadására 2004-ben adták át az új turisztikai és információs fogadóépületet, amely a kolostorút központjaként is szolgál.